Les tortugues tracten d'impedir que l'Shredder aconsegueixi el mutagen, però no surt com ells esperen.
La Karai prepara una trampa per a les tortugues amb els nous soldats del Clan del Peu.
Mentre cerquen el mutagen perdut, les tortugues troben uns esquirols molt problemàtics.
El Donatello cerca una cura al mutagen per reconciliar-se amb l'April, però no surt com espera.
El Michelangelo pren una mala decisió quan decideix fer servir el mutagen per ser més llest.
L'April vol portar una vida normal, però hi ha moltes criatures que la tenen com a objectiu.
Apareix un nou mutant que té un estret vincle amb el Raphael, però no surt com ell espera.
La infiltració a la base dels Kraang fa que les tortugues descobreixin el secret de l'April.
El seu enfrontament al Clan del Peu fa que el Casey Jones decideixi lluitar contra el crim ell sol.
Un fong mutant s'ha escampat pel clavegueram de Nova York i les tortugues han de parar-lo.
La millora que li ha fet el Donatello al Metalhead no és com ell esperava.
Un vell enemic torna per amenaçar la vida de l'Splinter i per conquerir la ciutat de Nova York.
Si volen sortir de la dimensió dels Kraang, el Donatello i el Casey han de treballar junts.
Les tortugues han de fer front al Clan del Peu per salvar l'Splinter de mans de l'Shredder.
Una partida de rol en viu es complica quan apareix un ocell misteriós que la converteix en realitat.
Després de molts errors, l'Shredder decideix castigar l'Stockman transformant-lo en un mutant.
El Raphael discuteix amb el Casey perquè no creu que estigui preparat per acompanyar-lo.
La Karai pren una decisió que fa trontollar la seva situació al Clan del Peu.
