En Shinji, un jove estudiant, es dirigeix a la base secreta del NERV per acudir a una cita amb el seu pare.
La sincronització d'en Shinji amb l'Evangelion és sorprenent, però la por li juga una mala passada.
En Shinji s'adapta a la seva nova realitat, compaginant l'escola amb els entrenaments amb l'EVA.
La Misato s'adona que en Shinji ha fugit perquè se sent incapaç i la situació el supera.
En Shinji intenta entendre millor qui és la Lei i la relació especial que té amb el seu pare.
La Misato idea una estratègia per intentar derrotar l'àngel Ramiel amb l'ajuda d'en Shinji i la Lei.
La Misato i la Litsuko assisteixen a la presentació del Jet Alone, un nou prototip d'EVA autopilotat.
En Shinji i els seus amics coneixen la nova pilot de l'EVA número dos, l'Aska, i el senyor Kaji.
L'Aska i en Shinji posen a prova la seva coordinació en combat en un enfrontament contra un nou àngel.
El NERV detecta un nou àngel en estat embrionari dins d'un volcà i envia l'EVA-02 a eliminar-lo.
Els tres pilots de les EVA han de derrotar un nou àngel, però un contratemps complica la missió.
Arriba el dia de l'ascens de l'oficial Misato, però la celebració queda tacada per un terrible fet.
Un nou àngel amenaça la humanitat, però les EVA no serveixen contra aquesta amenaça.
Al NERV es fan experiments per mirar la compatibilitat dels pilots amb les altres EVA.
En Shinji, tot i el neguit que li genera, queda amb el seu pare a soles davant la tomba de la seva mare.
L'excés de confiança en ell mateix provoca que en Shinji caigui a la trampa d'un nou àngel.
La doctora Akaji li confirma a la Misato la identitat del nou pilot d'EVA.
A la prova d'activació de la unitat 3, l'EVA-03, amb en Toji a dins, és posseït per un nou àngel.
