Un nen negre, el Dídac (10 anys), i la seva professora d'anglès, l'Alba (22 anys), es queden sols al món després de la mort de tota la humanitat.
El pare de l'Alba, professor universitari anglès establert a Lleida, on ha anat en morir la seva dona, estudia el canvi climàtic. És un científic molt preocupat, a més, per la desaparició de les abelles i té l'obsessió que la seva filla aprengui com es fa un hort. "Si cuides la natura, la natura cuidarà de tu", li diu el pare a la filla.
Un cataclisme acaba amb els éssers humans i destrueix les ciutats. El Dídac i l'Alba se salven perquè estaven sota l'aigua i, en sortir a la superfície, van descobrint, a poc a poc, que estan sols i han de començar de zero.
L'Alba fa de mare del Dídac fins que es converteix en un guapo adolescent. L'amor predomina per sobre de totes les coses però també sorgeix la necessitat de procrear perquè la humanitat no desaparegui. Fins que arriba un visitant inesperat, un home amb qui primer estableixen amistat fins que els instints primaris fan emergir en tots ells el millor i el pitjor de l'espècie humana.
"Segon origen" és un film que Bigas Luna definia com "una pel·lícula dona". La protagonista és una dona que interpreta tots els papers que pot fer una dona al llarg de la vida. I, a més, és la mare de la nova humanitat.
I també és un cant a l'amor i a les segones oportunitats. Tots, alguna vegada, necessitem una segona oportunitat, i la humanitat també. I aquell segon començament només serà possible si es cimenta sobre l'amor.
