El robot Fugitoide els hi dona uns vestits espacials a les tortugues per provar de salvar la Terra.
Les tortugues xoquen amb els salamandrians, amb qui han de col·laborar si volen sortir de Thalos 3.
Un error fa que el Casey alliberi un ésser desconegut que vol complir-li tres desitjos: el Wyrm.
Per encarregar-se de les tortugues, el Lord Dregg contracta un mercenari molt temut a l'univers.
Les tortugues proven d'aturar els triceratons, però arriben a un planeta on tot és maldat pura.
Quan uns alienígenes se li fiquen al cap al Mickey, els seus germans han d'entrar-hi també per salvar-lo.
Els triceratons capturen les tortugues i les fan lluitar en una mena de coliseu.
Les tortugues tornen a la dimensió X per trobar uns aliats en la lluita contra els triceratons.
Per obtenir una peça del generador de forats negres, les tortugues han de superar una prova difícil.
L'amenaça d'unes bombes dels Kraang provoquen que les tortugues arribin a la sèrie del 1987.
L'intel·lecte del Donnie és la clau per sobreviure a l'atac dels triceratons.
Els salamandrians demanen ajuda a les tortugues, però no responen com ells esperen.
Al planeta Magdomar, les tortugues troben l'última peça del generador i un nou amic.
En Fugitoide revela un secret a les tortugues que acaba dividint l'equip en el pitjor moment.
L'April finalment es converteix en kunoichi, però justament apareix un nou enemic molt poderós.
Per ajudar la Karai, en Leonardo s'escapa del cau sense avisar els seus germans ni l'Splinter.
El Raph ha de superar la seva por dels insectes per fer front a les noves creacions de l'Stockman.
Amb l'Shredder recuperant-se de les seves ferides, la màfia vol prendre el control de la ciutat.
